分辨毒蘑菇可以从多个方面入手。从外观来看，毒蘑菇通常颜色鲜艳，如红、绿、黑紫等色彩夺目，像毒蝇伞，色彩艳丽，有明显的红色菌盖和白色斑点；而无毒蘑菇多为白色、褐色等素淡颜色。毒蘑菇的形状也比较怪异，菌盖可能呈凸状，表面不平整，菌柄上有菌环、菌托等特殊结构，比如有剧毒的鹅膏菌就有明显的菌托；无毒蘑菇形状往往较为规整。
闻气味也能辅助判断，毒蘑菇常有刺鼻、辛辣、腐臭等难闻气味；无毒蘑菇一般气味正常，清香或无味。不过，气味判断并不绝对。
此外，还可以进行简单的化学测试。将蘑菇汁液挤出，滴在白纸上，放置片刻后观察，若纸张变色，很可能是毒蘑菇。
需要注意的是，这些方法虽有一定参考价值，但不能完全准确分辨毒蘑菇。对于不确定的蘑菇，绝对不要自行采摘食用，以免发生中毒事件。若对蘑菇种类存疑，可咨询专业的植物学家或菌类专家 。
