儿童慢性鼻窦炎发病因素比成人更复杂，鼻腔鼻窦黏膜反应更重，对药物治疗的反应敏感，而且随着年龄的增长，特别是在青春期后有自愈倾向(约50%的患儿有可能自愈)。所以，选择手术治疗要慎重。
很多家长有这样的疑问，孩子经过药物治疗3个月后，症状无明显改善时，是否就需要手术治疗呢？答案是不一定。经过3个月的保守治疗症状没有缓解 时，首先要拍鼻窦CT，评估一下是不是有手术的适应证，如息肉、先天性解剖异常、外伤或异物导致的慢性鼻窦炎等，而不应该以3个月作为是否手术的时间点。
此外，手术治疗儿童慢性鼻窦炎存在以下问题：
★儿童鼻窦发育不完善，手术开放鼻窦对结构和功能的发育有影响。
★20%~24%的患儿不能达到手术的预期目标。
★术后鼻腔黏膜反应重，愈合时间较长。
★孩子通常难以承受术后换药，缺乏有效的术腔处理，容易造成术腔狭窄、粘连发生率高等，最终导致手术失败。
★手术刺激黏膜和鼻窦骨质增生可演变为更严重的鼻窦炎，而再次手术效果不好。