开车时限速40但跑60的，会扣12分。限速40跑60已经超过规定时速的50%。不属于“在限速低于60公里/小时的公路上超过规定车速50%以下的”由公安交通管理部门予以警告的情形。
《道路交通安全法》第九十条机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。《道路交通安全违法行为记分分值》第一条第九项驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50%以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的，一次记12分。