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分子技术在湿地微生物群落解析中的应用

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生态环境学报20 1 0,1 9(4):974.978 http://www.jeesci.tom Ecology and Environmental Sciences E—mail:editor@ieesci.com 分子技术在湿地微生物群落解析中的应用 . 梁威 ,吴苏青 ,吴振斌 1.中国科学院水生生物所//淡水生态与生物技术国家重点实验室,湖北武汉430072;2.中国科学院研究生院,北京100049 摘要:人工湿地的研究和应用近年来受到了广泛重视。微生物是人工湿地系统的重要组成部分,其群落结构对于湿地的净化 功能的发挥具有重要影响。与传统的微生物分析技术相比,分子生物学技术在解析人工湿地微生物群落结构时无需纯培养, 具有高效、快速、简便的特点,使其广泛应用于环境微生物的研究。文章综述了近年来在聚合酶链反应技术(Polymerase Chain Reaction,PCR)基础上发展起来的几种新的分子生物技术,包括PCR.DGGE、LH—PCR、T—RFLP、PCR-SSCP和ARDRA, 以及其在人工湿地微生物研究中的应用现状。通过这些分子技术,可以分析湿地处理特定废水过程中微生物的数量、丰度、 多样性及优势种;鉴定湿地中特定功能菌群(如氨氧化细菌、反硝化细菌、除硫菌等)的数量、活动分布、空间变更及与污 染物去除的关系;判断各种系统条件(如不同基质、植物、水力负荷等)的设置对微生物多样性和稳定性的影响。最后,对分 子技术在湿地领域的未来发展进行了展望。 关键词:分子技术;微生物群落;人工湿地;现状;展望 中图分类号:X172 文献标识码:A 文章编号:1674.5906(2010)04.0974.05 人工湿地在过去的几十年中得到迅速发展。许 链温度不同的原理,通过梯度变性胶将DNA分开。 多研究表明,湿地微生物的作用是影响该系统去除 与其它电泳系统相比,它不是基于核酸分子量的不 污染物效率的重要因素之一,然而由于其复杂性及 同将DNA片段分开,而是根据序列的不同将片段大 分析方法的局限性使得人们在研究和设计湿地系 小相同的DNA序列分开。当双链DNA分子在含梯度 统时只能将其作为一个黑箱而忽视。近代分子生物 变性剂(尿素、甲酰胺)的聚丙烯酰胺凝胶中进行电 学技术的发展克服了传统研究微生物时的培养需 泳时,其解链的速度和程度与其序列密切相关,相 求,为人工湿地微生物的多样性及其功能的深入分 同碱基对数目的双链DNA分子由于碱基对组成的 析提供了一个崭新的途径【l J。 不同,解链所需要的变性剂浓度也不同,当某一双 目前用于湿地微生物群落结构分析的技术主 链DNA序列迁移到变性凝胶的一定位置,并达到其 要有平板计数法、荧光染色法、Biolog微平板分析、 解链温度时,即开始部分解链,解链程度越大,迁移 微生物醌指纹法、磷脂脂肪酸(PLFA)谱图、荧光原 阻力大,DNA分子的迁移速度随之减小,产生的迁 位杂交(FIsH)技术等_4 】。近年来,变性梯度凝胶电 移阻力与电场力相平衡时,具有不同序列的DNA片 泳、随机扩增多态性DNA标记、单链构象多态性等 段则停留于凝胶的不同位置,形成相互分开的条带 方法在湿地研究中也开始应用,对湿地中微生物的 图谱。理论上只要选择的电泳条件足够精细,最低 研究起到显著的推动作用l6 J。本文针对当前应用于 可检测到只有1个碱基差异的DNA片段 …。 人工湿地研究中的主要分子技术进行综述,以期为 1.2 PCR—DGG E在人工湿地研究中的应用 利用现代分子技术研究人工湿地的净化机理提供 1.2.1微生物数量、丰度及多样性 参考。 Dong等_J lJ用PCR—DGGE技术鉴别分析用来处 1 PCR—DGGE(Polymerase Chain Reac- 理猪圈废水的湿地基质中微生物的情况,得出菌种 tion and Denaturing Gradient GeI Electro- 的分布与总磷、硝酸盐、磷酸盐的浓度显著相关, phoresis) 从进水到出水中微生物的多样性及丰度显著降低, 1.1 DGGE原理 其优势种为Pseudomonas sp.(假单胞菌),Arthrobac— DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术是由Fischer和 ter sp.(节细菌属),Bacillus sp.(杆状菌)。通过系统发 Lerman于1 979年最先提出的,主要是用于检测DNA 育分析表明一部分16S rRNA的基因序列与不可培 突变的一种电泳技术。1993年Muzyers等首次将 植的反硝化细菌具有极大的相关性,而这些反硝化 DGGE技术应用于分子微生物学研究领域。DGGE 细菌的活动对湿地中氮的去除起着重要的作用。 利用序列不同的DNA片段在聚丙烯酰胺凝胶中解 Yin等[1 ]利用DGGE技术分析处理受污染景观湖水 基金项目:国家重大科技专项(2008ZX07106.003,2008ZX07316—004);江苏省科技惠民项目(BE200865t);中科院天津专项(TJZX2一Yw一07) 作者简介:梁威(1971年生),男,副研究员,博士,主要研究方向为人工湿地、环境微生物学、水体生态修复等。E—mail:wliang@ihb.ac.cn 收稿日期:2010—03—02 梁威等:分子技术在湿地微生物群落解析中的应用 975 的三个水平潜流湿地中微生物的多样性、总的微生 物群落的改变以及氨氧化细菌的组成。通过PCR对 3 T—RFLP fTerminal—Restriction Frag— 携带单加氧酶的基因序列进行扩增,得出季节的变 化对微生物群落的多样性和组成具有影响;序列分 ment Length Polymorphism) T—RFLP(末端限制性酶切片段长度多态性)分 析是在PCR技术和RFLP技术基础上发展起来的微 生物群落分析技术,所不同的是在PCR扩增16S rRNA基因的过程中,其中一个引物用荧光标记, 析说明湿地中氨氧化细菌是不可培养的,其菌群中 含有大量的亚硝化单胞菌类似序列。Guo等ll 利用 PCR.DGGE技术分析人工湿地处理二级废水后混 合水中的微生物群落的结构,得出微生物菌群的多 样性。Gorra等 刮利用PCR.DGGE技术鉴别处理污 水的湿地基质对氨氧化细菌群落多样性和稳定性 的影响,结果表明不同基质上群落的组成没有很大 的区别,其中沸石最有利于氨氧化细菌的活动。 1.2.2特定微生物功能群 Drewe等¨ 通过嵌套的PCRg ̄芦苇湿地进出 水、基质及植物根区等15个位点上的Mycobacterium avium(鸟分支杆菌)进行监测,得出芦苇湿地对鸟分 支杆菌具有良好的去除作用,因而对鸟类肺结核具 有有效的控制作用。Park等_l。](2009) ̄IJN实时 PCR技术鉴别和定量测定分别种植菖蒲、黄睡莲、 香蒲的表面流人工湿地中脱氮菌和除硫菌的活动 状况。Ruiz.Rueda等¨,J通过PCR—DGGE技术鉴别了 湿地中阔叶香蒲和芦苇根际的硝化反硝化菌的活 动及其群落结构,并判断它与湿地中的植物种类的 相关性。Huang ̄_J j应用PCR.DGGE技术调查处理 富营养观赏水的复合垂直流人工湿地中氨氧化细 菌的多样性及活动分布的空间变更,并测定氨氧化 细菌在湿地的不同层对富营养水的净化。Sundberg 等l】 将氨氧化和反硝化菌群分别用目标16S rDNA 基因探针和功能基因nosZ进行PCR扩增,结果由 DGGE及核苷酸序列分析,以检测用来处理高氮浓 度的垃圾掩埋浸析液的人工湿地中硝化和反硝化 作用及其相应的菌群。 2 LH—PCR(Length Heteroqeneilv PCR) LH.PCR是于1998年在国外发展起来的一项 新技术L2…。在LH.PCR中,荧光标记探针被用来决 定来源于不同微生物扩增序列的相对数量,带标记 的片段在电泳胶上被分离出来,而后被一个带有荧 光性激光的自动基因顺序分析仪所监测到。Nancy 等l2 (2000)30用LH—PCR技术评估土壤微生物群 的组成,并发现LH.PCR的结果具有可重复性。 Ahn等L2 利用LH.PCR在不同湿地植物和磷负 荷下采集人工湿地基质中微生物的指纹,通过对群 落菌群克隆和排序来确定其微生物的多样性;并应 用主坐标分析及相似性分析得出高磷负荷会使基 质微生物群落结构发生显著改变且能降低其多样 性,克隆排序表明不同的磷含量产生不同的微生物 群落。 在计算机程序自动分析时仅分析带荧光标记的末 端限制片段,这样使得限制片段长度多态性图谱更 为简化,且每个可见的条带都代表一个“核型”或一 个分类单元。相对于其它分子生物学分析技术如 RFLP、DGGE等,它具有分辨率高、易于实现自动 化[23-24 等特点。 Nicorarat等 5J利用T.RFLP技术对处理酸化煤 矿水的人工湿地系统中微生物的多样性进行分析。 ・将RFLP的结果与先前的有机体培养PCR.DGGE和 FISH研究结合起来,说明了相对低的微生物多样性 及嗜温硫杆菌在好氧湿地基质中具有优势。Ishida 等 6l通过T—RFLP方法测定不同的水力负荷及水位 波动对湿地底泥中微生物结构的影响,并根据营养 物的去除情况确定湿地的性能。Searcy等[271利用 PCR扩增每个生物菌膜样本上真核细菌的16S rDNA及亚硝酸还原酶基因,用T—RFLP技术分析扩 增产物判断整个菌群及反硝化细菌群落的多样性。 Sleytr等【28]利用T.RFLP技术分析比较芦苇湿地和芒 竹湿地植物根区的微生物群落结构,发现不同的湿 地在相似的条件下运行具有相似的菌群结构。 4 PCR—SSGP(Single Strand Conforma- tional Polymorphism) 4.1 PCR—SSCP基本原理 单链构象多态性技术(简写为sscP)是随着人 类基因组的研究而发展起来用于检测碱基突变的 技术。通过与PCR方法相结合,PCR扩增产物经变 性后,将得到具有二级构象的单链DNA置于非变性 的聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,空间构象不同的单 链DNA会因其迁移率不同而得到分离,最后根据电 泳条带所显示的亮度、丰度、条带位置和清晰度等 基本信息进行SSCP图谱分析,确定不同菌株类型及 其相对数量关系等从而检测相应的遗传变异。 PCR—SSCP技术被认为是环境微生物分子生态学研 究中,继变性梯度凝胶电泳(DGGE)和末端限制性 片段长度多态性(T—RFLP)之后的又一技术l2…。 4.2 PCR—SSCP在人工湿地中的应用 谢冰等[3oJ(2007)采用PCR.SSCP技术对上海 梦清园芦苇人工湿地的底泥微生物群落结构进行 了研究,发现湿地中微生物优势种主要是七种芽孢 杆菌。XIE B等【j u(2O09)再次利用PcR—SSCP] ̄谱分 析上海梦清园芦苇人工湿地进出口微生物的多样 976 性,得出异养菌、硝化细菌和反硝化细菌各个季节 的分布不一,微生物功能群的分布与湿地中不同营 养水平有关。Vacca等p引(2005) ̄IJmPCR.sscP图谱 分析六个处理生活污水的实验型人工湿地进出口、 植物根区及基质不同深度的微生物群落的多样性, 以判断湿地中填料类型、植物种植与否对菌群的影 响,结果发现不同的微生物群落的存在与基质类型 有关。 5 ARDRA fAmplified RibosomaI DNA Restriction Analysis) 扩增rDNA限制性酶切片段分析法(简写为 ARDRA)的技术原理是基于PCR技术选择性扩增 rDNA片段(如16S rDNA、23S rDNA、16S一23S rDNA片段),再对扩增的rDNA片段进行限制性酶 切片段长度多态性分析(RFLP)。该方法的步骤是: 1)提取  ̄,DNA;2)以总DNA为模板,引物为rRNA 基因的保守序列,采用PcR技术将特定的rDNA片 段扩增出来;31选择多种有四对碱基识别位点的限 制性内切酶,对扩增产物进行限制性酶切;4)用低 熔点琼脂糖凝胶电泳分离酶切的DNA片段;5)对 ARDRA诊断谱带进行认定、特性的系统分析及计 算机聚类I3引。ARDRA技术一般都需要同其它的分 子技术 ̄tlDGGE、T.RFLP等相结合使用。 Ibekwe等l3 ]在变化植物密度和组成的湿地中 研究微生物群落的组成与水质之间的关系,六个月 中每星期对湿地的不同位点的水化学指标、硝酸 盐、正磷酸盐、悬浮固体进行检测。发现50%的植 物覆盖率能将96.3%的硝酸盐去除。采用DGGE获得 总的DNA的群落图谱以测定湿地基质中、植物根区 及水中主要的微生物组成,并建立菌克隆文库,其 中300多个克隆体用ARDRA分析并整合到运算分 类单位中,得出湿地基质中、植物根区及水中分别 有35、31、36个不同的分类单位,根据香农威尔指 数的计算说明50%植物覆盖率的微生物多样性比 100%的要高。 6展望 随着研究手段的多样化,人们对人工湿地微生 物群落结构的了解越来越深入;但尚未发现单一的 技术能够充分描述微生物的全部群落结构及其代 谢过程。为此,为进一步研究揭示湿地微生物群落 结构及其净化机理,建议加强以下方向的研究: (1)利用分子技术研究人工湿地脱氮除磷的机 理,揭示湿地处理特定废水(低碳高氮废水、微污 染地表水、面源污染等)及其特定生物代谢过程(如 短程脱氮、反硝化除磷、同步硝化反硝化及厌氧氨 氧化)中微生物种群及其代谢状况; (2)研究去除特殊污染物(如持久性有机污染 生态环境学报第19卷第4期(2010年4月) 物POPs)过程中,湿地微生物菌群的变化状况,探 寻净化机理; (3)多种分子技术协同作用,利用各种技术 的优势,针对处理污水的性质不同,对比研究湿 地中微生物菌群结构、活性的变化,微生物种与 种之间的相互关系,深入研究与湿地系统条件的 相互关系; (4)引进利用稳定同位素探测(SIP)、基因 芯片等新技术应用研究湿地中微生物群落的变化 与生态学功能之间的关系,提高其对湿地中微生物 定量、定性的准确性和检测的特异性。 参考文献: [1]JENNIFER L,VINCENT G,CARINA S,et a1.Microbial processes influencing performance of 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Key words:Molecular techniques;microbial communities;Consturcted wetland,research advances;prospects 

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