合同档案整理归档的方式： 1、交由企业档案管理部门进行归档； 2、合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作； 3、合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作； 4、建立客户档案信息； 5、建立客户评价系统； 6、定期对合同进行汇总、整理。
《档案法》第十二条
按照国家规定应当形成档案的机关、团体、企业事业单位和其他组织，应当建立档案工作责任制，依法健全档案管理制度。
第十四条
应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有。
国家规定不得归档的材料，禁止擅自归档。
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